Từ khi bảng xếp hạng được thành lập năm 2008, đến tháng 12 năm 2010, bảng xếp hạng đã kết hợp dữ liệu bán đĩa CD từ SoundScan Japan, theo dõi doanh số bản thuần bán ra tại các cửa hàng trên khắp Nhật Bản và số liệu phát sóng radio từ 32 trạm phát AM và các đài phát thanh FM tại Nhật có nguồn từ công ty Plantech của Nhật Bản.[4] Vào tháng 12 năm 2010, bảng xếp hạng đã được mở rộng bao gồm doanh số từ các cửa hàng trực tuyến, cũng như doanh số từ iTunes Nhật Bản.[4] Từ tháng 12 năm 2013, Billboard đã thêm hai yếu tố bổ sung vào Bảng xếp hạng Hot 100 của Billboard Japan: các tweet liên quan đến các bài hát từ Twitter được thu thập bởi NTT DATA, cũng như dữ liệu từ Gracenote về số lần đĩa CD đã được đăng ký khi được đưa vào máy tính.

Từ ngày 7 tháng 12 năm 2016 trở đi, Billboard Japan đã hợp tác với GfK Nhật Bản để phân phối doanh số kỹ thuật số của từng bài hát trên bảng xếp hạng Hot 100 (từ vị trí số 1 đến số 50) cho công chúng. Bắt đầu vào năm 2017, các công ty sẽ phân phối doanh số từ hơn 3.900 cửa hàng kỹ thuật số trên toàn quốc, bên cạnh các dịch vụ phát trực tuyến với Apple Music, Awa và Line Music và sẽ được quy đổi ra điểm (tương tự với doanh số album tương đương).[5]